BODY要素は、他の要素とは異なるボックスの構造を持っています。
marginには他のボックスとの間隔ではなく、ブラウザのウィンドウ枠との間隔を設定します。
paddingが他のボックスとの間隔の役割をします。
また、ブラウザによって初期値としてページにmarginを持っています。

Windows版のInternetExplorerでは、widthプロパティとheightプロパティの範囲が標準的な仕様とは異なっています。
本来は、内容部分の幅や高さを設定するものなのですが、InternetExplorerでは、
内容＋ボックスと内容の間の領域(padding)＋枠線(border)として設定されてしまいます。
したがって、paddingやborderの幅を大きくとってしまうと、正しく表示するブラウザとはまったく違う表示結果となってしまいます。